L’altare maggiore fu realizzato a Genova da Giuseppe Maria Massetti († 1734) e poi montato in loco nel 1707 dallo stesso e dai suoi collaboratori. Composto da un paliotto marmoreo, rinserrato ai lati da quattro colonne tortili che evocano un moto ascensionale (in totale sono 24 le colonne tortili presenti in chiesa), esso è sopraelevato rispetto all’aula, ed è visibile da ogni suo punto; in quanto la struttura ad aula unica non presenta elementi che possano intersecarsi con lo sguardo del fedele.
Sopra l’altare troviamo la statua di S. Michele (190×88 cm) in legno policromo dorato, di scuola napoletana; risulta citata per la prima volta nell’inventario del 1773; rivela caratteri tardomanieristi fondendo gli elementi stilistici spagnoli con quelli popolareschi dell’ambiente campano.
Michele è raffigurato come un giovane armato di lancia, con cui trafigge Lucifero, che giace sconfitto ai suoi piedi; la bilancia tenuta dalla mano sinistra ci ricorda un’altra funzione attribuitagli dalla tradizione: la psicostasia.
La congettura vuole che si tratti della statua realizzata dallo scultore e doratore napoletano Giuseppe De Rosa nel 1620 per “la chiesa del Collegio di Cagliari”. A motivo del prestigio acquisito, questa statua funse da modello per altre statue dedicate all’arcangelo in diverse chiese sarde.
Invece le due statue marmoree poste nelle due nicchie ai lati dell’altare raffigurano San Giuseppe col Bambino e Sant’Anna con Maria bambina; presumibilmente sono state collocate sul sito subito dopo la realizzazione dell’altare, dunque nella prima metà del settecento.
Presumibilmente si deve al Massetti, sia il tabernacolo, sia i gradini di accesso al presbiterio con la balaustra, oltre al monumento funebre in marmo di Francesco Angelo Dessì (1712), ubicato nella parete sinistra del presbiterio, ricco di elementi simbolici allusivi allo scorrere del tempo e alla morte; il monumento è cinto da una iscrizione, che ricorda le virtù del benefattore.
Il pavimento del presbiterio, ricco di preziosi intarsi marmorei, fu realizzato nel 1725 da un discepolo del Massetti, il già citato Pietro Pozzo. Il contratto prevedeva che realizzasse dodici “rose dei venti” con punte bicolori bianche e nere su sfondo rosso.