L’altare maggiore fu realizzato a Genova da Giuseppe Maria Massetti († 1734) e poi montato in loco nel 1707 dallo stesso e dai suoi collaboratori. Composto da un paliotto marmoreo, rinserrato ai lati da quattro colonne tortili che evocano un moto ascensionale (in totale sono 24 le colonne tortili presenti in chiesa), esso è sopraelevato rispetto all’aula, ed è visibile da ogni suo punto; in quanto la struttura ad aula unica non presenta elementi che possano intersecarsi con lo sguardo del fedele.
Sopra l’altare troviamo la statua di S. Michele (190×88 cm) in legno policromo dorato, di scuola napoletana; risulta citata per la prima volta nell’inventario del 1773; rivela caratteri tardomanieristi fondendo gli elementi stilistici spagnoli con quelli popolareschi dell’ambiente campano.
Michele è raffigurato come un giovane armato di lancia, con cui trafigge Lucifero, che giace sconfitto ai suoi piedi; la bilancia tenuta dalla mano sinistra ci ricorda un’altra funzione attribuitagli dalla tradizione: la psicostasia.
La congettura vuole che si tratti della statua realizzata dallo scultore e doratore napoletano Giuseppe De Rosa nel 1620 per “la chiesa del Collegio di Cagliari”. A motivo del prestigio acquisito, questa statua funse da modello per altre statue dedicate all’arcangelo in diverse chiese sarde.